Jan Paweł II bullą "Totus Tuus Poloniae populus" z 25 marca 1992 r. wprowadził nowy podział Kościoła w Polsce. Następstwem tej decyzji było powołanie do życia 13 nowych diecezji, a pośród nich diecezji toruńskiej. Granice nowej diecezji nawiązują do średniowiecznych granic diecezji chełmińskiej, erygowanej w 1243 r., obejmując zasadniczo ziemie chełmińską oraz lubawską. W momencie erygowania diecezja toruńska podzielona została na 17 dekanatów (obecnie jest ich 24): Bierzgłowo, Brodnica, Chełmno, Chełmża, Działdowo, Golub, Grudziądz, Lembarg, Lidzbark, Lubawa, Łasin, Nowe Miasto Lubawskie, Radzyń Chełmiński, Toruń I, Toruń II, Wąbrzeźno oraz Toruń-Podgórz. Wszystkie dekanaty, z wyjątkiem ostatniego wchodziły do tej pory w skład diecezji chełmińskiej, dekanat Toruń-Podgórz znajdował się do 1992 r. w granicach archidiecezji gnieźnieńskiej.
Kościołem katedralnym nowej diecezji została bazylika mniejsza św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Toruniu. Diecezja toruńska weszła w skład archidiecezji gdańskiej, obejmując swym zasięgiem 182 parafie z liczbą 714.270 mieszkańców w chwili jej utworzenia (obecnie diecezja liczy 194 parafie oraz 591.891 wiernych). 31 maja 1992 r. w katedrze odbył się ingres pierwszego biskupa diecezji toruńskiej Andrzeja Suskiego, dotychczasowego biskupa pomocniczego diecezji płockiej.
Od początku istnienia diecezji toruńskiej wyjątkowe miejsce zajmuje Matka Boża Nieustającej Pomocy. Ona to właśnie została ogłoszona patronką nowej diecezji. W wydarzeniu tym dostrzegamy kontynuację patronatu maryjnego nad diecezją chełmińską. W naturalny więc sposób Matka Boża Nieustającej Pomocy odbiera cześć i patronuje wiernym na obszarze, który już wcześniej został jej powierzony.
Rok 1992 stał się więc kolejną ważną cezurą w dziejach kultu Matki Bożej Nieustającej Pomocy i to nie tylko w Toruniu, lecz także w całej Polsce. Patronat nad diecezją to przecież wyjątkowy przejaw żywotności kultu maryjnego w znaku Nieustającej Pomocy. Nie mamy wątpliwości, że kult ten uległ w kolejnych latach dużemu zdynamizowaniu.
27 czerwca 1992 r., czyli w liturgiczne wspomnienie Matki Bożej Nieustającej Pomocy, ordynariusz diecezji toruńskiej bp Andrzej Suski pierwszy raz przewodniczył celebracjom ku czci Matki Bożej. Ważnym momentem tamtego dnia było zawierzenie Matce Bożej Nieustającej Pomocy całej diecezji.
Od 1992 r. obchody święta Matki Bożej Nieustającej Pomocy to jedno z najważniejszych wydarzeń diecezjalnych. Co roku odbywa się uroczysta procesja z cudowną ikoną. Przez pewien czas wychodziła ona z katedry, a od kilku lat z kościoła Miłosierdzia Bożego i zmierza do sanktuarium na Bielanach.
Matka Boża Nieustającej Pomocy towarzyszy diecezji toruńskiej w jej ważnych momentach. Przypomnijmy, że to właśnie Jej wizerunek (kopie obrazu poświęcił Jan Paweł II) był obecny we wszystkich parafiach diecezji, które przeżywały misje ewangelizacyjne. Przed Jej wizerunkiem w Rzymie w listopadzie 1999 r. dziękowali przedstawiciele diecezji za jej ustanowienie oraz za pielgrzymkę Jana Pawła II do Torunia. Wreszcie to w Jej sanktuarium na Bielanach zakończono uroczyście 27 czerwca 2011 r. I Synod Diecezji Toruńskiej.